IPMAFA memiliki empat fakultas dan 10 Program Studi meliputi:
Fakultas:
- Tarbiyah / Pendidikan
- Syariah
- Dakwah dan Pengembangan Masyarakat
- Ekononomi dan Bisnis Islam
Program Studi:
- Pendidikan Bahasa Arab
- Perbankan Syariah
- Pengembangan Masyarakat Islam
- Pendidikan Guru Raudhatul Athfal
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
- Komunikasi & Penyiaran Islam
- Zakat & Wakaf
- Hukum Ekonomi Syariah
- Hukum Keluarga Islam
- Akuntansi Syariah
